佛陀于是告诉文殊师利说：「正是如此，正是如此!如你所说的一样。文殊师利啊!如果有怀清净信心的善男子善女人等，打算供养那药师琉璃光如来，他们应该首先树立那佛的形像，再敷设清净高座安放佛像;散放种种鲜花，熏烧种种香料，又以种种幡幢装饰供养其处;此外，在行供养之前，应该实行七天七夜的八关斋戒，吃清净的饮食，并用香汤沐浴，穿清洁衣物，更为重要的是保持内心的宁静，绝没有污浊垢染，也没有愤怒与嗔害，对于一切有情众生满怀善意，一心要使其得利益，使其得安乐;满腔是慈、悲、喜、舍的四种无量平等心。在这样的情形下面，才来作弦歌鼓乐，恭敬赞叹，右绕佛像，虔心礼敬。此外，还应忆念那药师琉璃光如来的本愿功德，怀着这种意念去诵读那『药师琉璃光如来本愿功德经』，仔细思索它的意义，再向别人演说开示。」

「对于这样的善男子善女人，无论他们有什么样的祈求，都能如愿以偿;欲求长寿者便得长寿;欲求财富者便得财富;欲求官位者便得官位;欲求儿女便得儿女。」

「如果有什么人偶然做了恶梦，有种种恶相现前，或见猫头鹰、乌鸦之类的怪鸟来集家中;或于住处有异声怪相，以至有鬼魅等出现，如遇这些情况，此人只需置办好各种美好的物品，恭敬地供养那药师琉璃光如来，则一切恶梦恶相以及种种不祥之兆，都会消失隐没，不能再为患作怪。」

「如果面对水火刀毒，身临悬崖绝壁、危墙险桥，或受恶象、狮子、虎狼、熊豹、毒蛇、恶蝎、蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等令人恐怖畏惧的毒物威胁时，只要能够全心全意地忆念彼药师如来，至诚恭敬地供养他，便可以摆脱一切危险与恐怖。如果别的国家来侵略骚扰，国内盗贼反叛起乱，只要一心忆念彼药师如来，恭敬地供养他，那么一切盗贼侵略都可以得到解脱。」

「再者，文殊师利啊!如果有些清净信心的善男子善女人们，直到寿命终结，一生都没有信奉过其他各种各样的天，以及湿婆神等天魔外道，一心一意地皈依佛法僧三宝，接受并持守佛为弟子们制定的五戒、十戒、菩萨四百戒、比丘二百五十戒、比丘尼五百戒等。在所受持中，假如有所毁犯，自然会害怕堕入三种恶道的报应。」